弥生時代後期、この地の村人は古処山に住み、翼を持った鳥のように軽々と動き回り、皇命に従わない羽白熊鷲（はじろくまわし）という山賊に苦しめられていました。第１５代仲哀天皇のお妃様、神功皇后はこの危機を救うため、神様にお祈りされて「この潮干玉を使って川の水をからにし、川蜷に頼んで一晩のうちに城を作り、今度は潮満玉を使って、一度に水を入れ水攻めにして滅ぼしなさい」とお告げになりました。これは敵の総攻撃を避けるため一夜城を作り戦力を分散させ、大已貴神社にいる皇后の本軍が一気に攻めあがる作戦だったのです。羽白熊鷲は逃走に逃走を重ねて、朝倉市の寺内ダムの所でついに矢に倒れました。
　神功皇后摂政２年（西暦202年）神功皇后は三韓征伐から帰国後、航海中船中で祈願した素戔嗚命、大己貴命、事代主命の出雲三神をお祀りする場所を決めるため、肥前国高橋の津から１羽の白鷺をお放ちになりました。白鷺は空に舞い上がり、筑後川に沿ってしばらく飛んだ後、清水の湧きでる所に舞い下りました。
　皇后は、その近くに出雲三神を祀るお社を建てられました。社名は蜷城（になぎ）を美奈宜（みなぎ）とあて、美奈宜神社になったと伝えられています。

　奈良時代、天平２年（730年）、渤海の王が奈良の朝廷に進物を献上するにあたり、特別の臨時祭を斎行されました。聖武天皇の勅命により美奈宜神社には勅使が参向され、渤海の進物の一部を献納されました。全国8万社ある中、わずか285社しかない名神大社の格式をいただくことになります。今後名神祭が行われる度に勅使や国司が勅命を奉じて参向する神社となります。
　延長５年（927年）醍醐天皇の御代には神社史最古の範典の延喜式に記載され格式の高い式内社にも選ばれています。平安時代には藤原氏直轄の神社として栄華を極めていました。また筑前国延喜式内同格10社（宗像大社・織幡神社・筥崎宮・住吉神社・志賀海神社・志登神社・筑紫神社・竈門神社・麻手良布神社・大已貴神社）が本殿裏手に祀られており、格式の高さを証明しています。